En 1995 la hermandad de La Macarena Celebró el IV Centenario de su fundación en 1595, motivo por el cual donó al colegio un mosaico de azulejos con la imágen de la Virgen. Durante las últimas obras de rehabilitación del centro el azulejo fue dañado, perdiéndose totalmente. En 2008 fue sustituido por una réplica idéntica a la anterior realizada por el mismo ceramista.
En septiembre de 2000 se implanta en el centro el Programa Bilingüe Alemán-Español. Desde entonces hasta hoy el colegio ha avanzado considerablemente en el desarrollo de este programa, una de las principales señas de identidad del CEIP Macarena en la actualidad.
2005-06 el CEIP Macarena se traslada al antiguo Colegio Público Padre Manjón, hoy CEIP Huerta de Santa Marina, para acometer una reforma integral del conjunto, que incorporará las tres casas de maestros, ya vacías, y que proporcionará al centro el aspecto y las condiciones actuales. Tras esta reforma se dejan de nuevo al descubierto los frisos que habian permanecido ocultos hasta la fecha, aunque bastante deteriorados.Estas obras son dirigidas por el arquitecto Mario Algarín. El colegio, renovado, se vuelve a abrir en septiembre de 2008.
En el año 2014 el centro pasa a denominarse oficialmente CEIP Altos Colegios Macarena.


